Les meilleurs logiciels de modélisation moléculaire 3D

Top 7 des meilleurs logiciels de modélisation moléculaire 3D pour la chimie

Publié Par le 12/01/2018

Les logiciels de modélisation sont des outils puissants, aidant de nombreux professionnels à créer des graphiques 3D complexes, mais aussi à visualiser leur travail. Dans le secteur de la chimie, il existe de nombreux logiciels de modélisation moléculaire et de visualisation. Mais lequel est le meilleur ? Certains logiciels de chimie sont plus performants en termes de dessin pour les réactions chimiques, d’autres offrent la possibilité de simuler de meilleurs structures de protéines alors que certains sont plus précisément axés sur la modélisation moléculaire et la visualisation. Dans cet article, nous avons sélectionné les meilleurs logiciels de modélisation pour la chimie actuellement disponibles sur le marché.

 

Logiciel de modélisation moléculaire #1: ChemDoodle  

ChemDoodle est un logiciel permettant de travailler sur des graphiques, spécifiquement dans le domaine de la chimie. Ce logiciel de modelisation moléculaire est un des meilleurs sur le marché. Il est très intuitif et peut aussi bien être utilisé par des étudiants que par des ingénieurs chimistes.  Il peut créer des structures 3D avec une grande qualités, mais aussi avec rapidité. ChemDoodle permet de travailler le mécanisme réactionnel en temps réel. 

Ce logiciel possède des outils appelés « Widgets ». Ces petites applications permettent d’accomplir des tâches diverses afin de créer des graphiques de molécules. Il peut s’agir du calcul de masse moléculaire, d’analyse, ou de recherche de données pour des structure chimiques. De plus, ChemDoodle propose une plateforme de visualisation, appelée ChemDoodle 3D, permettant de transformer des structures chimiques 2D en modèles 3D.

Ce logiciel est compatible avec Windows, Mac OS X et Linux. Il est également disponible sur smartphone, permettant de tranférer vos designs 3D entre ordinateur et téléphone.

 

Logiciel de modélisation moléculaire #2: Hypercube  

Hypercube est un logiciel de modélisation moléculaire utilisés par de nombreux chimistes pour ses nombreuses fonctionnalités, ainsi que sa facilité d’utilisation. La suite de logiciels est appelée « HyperChem ». « HyperChem » permet d’utiliser diverses fonctions liées au design 3D en chimie, comme la simulation de protéines, la modélisation moléculaire, la visualisation moléculaire, le calcul de structures chimiques et d’autres opérations en rapport avec la bio-informatique.  


Hypercube offre différents logiciels spécialisés dans la modélisation moléculaire, en rapport, peut-être, avec votre domaine d’activité. Un d’eux est par exemple le logiciel « HyperProtein », qui se concentre sur la modélisation de protéines. Outre les fonctionnalités liées à la modélisation et à la simulation que peut déjà apporter HyperChem, d’autres logiciels sont consacrés à l’alignement de séquences ou à la construction d’un arbre généalogique pour les familles de protéines. 

 

Logiciel de modélisation moléculaire #3: Avogadro

Voici un autre logiciel pour la chimie que vous pourriez adopter, il est par ailleurs reconnu pour sa simplicité d’utilisation: Avogadro.

Avogadro est un logiciel permettant d’importer des fichiers specifiques à la chimie.  Il est utilisé dans de nombreux domaines scientifiques, comme la chimie numérique, la modélisation moléculaire, et la science des matériaux. Ce logiciel aussi bien apprécié des étudiants que des chimistes expérimentés.  Un des avantages clés de ce logiciel, c’est qu’il offre une bonne qualité de rendu, ainsi que des outils d’éditions pratiques pour travailler sur les molécules.  


 

Logiciel de modélisation moléculaire #4: ChemAxon

ChemAxon est un logiciel permettant de représener des structures chimiques, ce qui peut vous intéresser si vous êtes ingénieur chimiste ou même étudiant dans le domaine de la chimie. Ce logiciel a deux grandes fonctions, situées dans deux applications différentes. La première est appelée « Standardizer », et vous aidera à convertir vos structures chimiques en représentions 3D moléculaires. En plus des actions prédéfinies proposées par cette fonctionnalité, l’utilisateur est libre d’en ajouter de nouvelles par lui-même. L’autre fonction clé de ce logiciel est appelée « Structure Checker ». Elle offre la possibilité d’éditer et de modifier tout problèmes que vous pourriez avoir avec la structure moléculaire.  Ce logiciel propose des solutions automatiquement, une fois le problème repéré. 

“Structure Checker” est très utile, permettant de trouver les données incorrectes, notamment lorsqu’une molécule est ajoutée dans l’espace de dessin.

Molecular modeling software

« Standardizer » feature – www.chemaxon.com

molecular design software

« Structure Checker » feature –
www.chemaxon.com

Logiciel de modélisation moléculaire #5: BIOVIA Draw

BIOVIA Draw est un logiciel de dessin, s’adressant principalement aux chimistes et plus largement, aux professionnels du secteur de la chimie. Il propose aux scientifiques de nombreux outils de dessins et de modélisation pour dessiner et modifier des molécules complexes, des réactions chimiques et des séquences biologiques.  Son interface est facile à prendre en main, et offre la possibilité de visualiser, communiquer et archiver de nombreuses informations scientifiques. 

Logiciels gratuits de modélisation moléculaire pour la chimie 

Logiciel de modélisation moléculaire #6: MolView

MolView est un logiciel pour la chimie, possédant une interface un peu différente des autres suites logiciels mentionnées jusqu’ici. La principale différence est que ce logiciel est une application web, disponible en ligne. C’est un programme très facile à utiliser, même si vous n’avez pas de précédentes expériences en modélisation 3D. 

Ce logiciel open source peut aussi bien être utilisé comme éditeur moléculaire que comme outil de visualisation 3D. En tant qu’utilisateur, vous êtes autorisé à importer des molécules en provenance de bases de données telles que PubChem, RCSB Protein Data Bank et Crystallography.

Avec MolView, outre la création de formules, vous pouvez aussi l’utiliser pour le phage display, la modélisation ou la simulation d’assemblage de protéines par exemple. Il est également possible d’exporter de nombreuses données au format PNG ou JCAMP.

Logiciel de modélisation moléculaire #7: ACD/ChemSketch

ACD/ChemSketch est un logiciel de dessin que vous pouvez télécharger gratuitement ou acheter, si vous devez l’utiliser à des fins commerciales. Gardez à l’esprit que la version gratuite de ChemSketch n’inclut pas toutes les fonctionnalités de la version payante. Malgré tout, ce logiciel est très complet et peut être utilisé pour former les étudiants aussi bien au lycée qu’au sein de cursus spécialisés dans la chimie. 

Avec ce logiciel, il est possible de dessiner des structures organiques, des polymers et des groupements de type Markush. Les utilisateurs peuvent également calculer les propriétés des molécules, comme leur poids, leur densité, la réfractivité molaire, etc. Il est aussi possible de prévisualiser les designs 3D de molécules afin de mieux voir et comprendre leurs structures.  

 

Si vous êtes intéressés par la modélisation moléculaire, vous devriez certainement trouver la suite de logiciels qui répondra à vos besoins grâce à cette sélection. De nombreuses options sont effectivement disponibles sur le marché.

Si la chimie vous intéresse plus particulièrement, nous vous proposons de lire cet article sur l’impression 3D dans le secteur de la chimie.

Nous espérons que cette liste de logiciels vous a été utile. Si vous souhaitez être informé des dernières nouveautés concernant les logiciels de modélisation, incrivez-vous à notre newsletter.

 

Crédit photo: molview.org

Transférez un fichier
Transférez un fichier
Plus de contenu en anglais
En voir plus
Contenu disponible en
Related Posts